Il Museo Delta Antico è suddiviso in aree tematiche e cronologiche ed in quattro sezioni principali.

Al piano terra si incontra la sezione dedicata all’età romana dove sono esposti alcuni dei reperti più importanti provenienti da ville, da monumenti pubblici e dalle sepolture che costellavano l’antico Delta del Po.

Sempre al piano terra si incontrano le sale dedicate al carico della nave romana di Valle Ponti. Questo relitto, naufragato oltre 2000 anni fa, conserva reperti eccezionali unici al mondo.

Al primo piano, dopo una sala che racconta le trasformazioni del territorio, i cambiamenti ambientali e quelli causati dall’uomo nell’ultimo secolo, si accede alla sezione etrusca di Spina. Qui, ceramiche etrusche e greche si mescolano tra loro, testimoniando la ricchezza e la potenza di una delle più influenti città del mondo antico. Da ultimo la sezione tardo antica e medievale, dove si racconta dell’ascesa di Comacchio come emporio rivolto al controllo delle rotte commerciali con l’Oriente.