Il Museo trova spazio nell’imponente architettura neoclassica del Settecentesco Ospedale degli Infermi (1771/1784), realizzata da Antonio Foschini e Gaetano Genta. Costituisce uno degli edifici più significativi e monumentali del centro storico di Comacchio.
Vi è esposto un ricco patrimonio di beni archeologici provenienti dal territorio, dalle prime testimonianze di epoca protostorica sino al medio evo. Attraverso l’esposizione di quasi duemila reperti e grazie a suggestive ricostruzioni, agili apparati di guida e con momenti di interazione e coinvolgimento del pubblico, il museo narra la storia dell’antica foce del Po che, con i numerosi canali navigabili e le vie di terra, è stata nei secoli un importante snodo di commerci che collegava le civiltà del mondo Mediterraneo con l’Europa continentale. Di particolare rilievo le sezioni dedicate alla città etrusca di Spina, con gli oggetti provenienti dall’abitato e i ricchi corredi delle tombe, al mondo romano, alla nascita di Comacchio nell’alto medioevo come emporio commerciale e sede vescovile. Nel museo è stato trasferito anche il prezioso carico della nave romana di Comacchio, un’autentica Pompei del mare, un ritrovamento che ci restituisce uno spaccato del mondo globalizzato dell’impero romano.